Специалисты Массачусетского технологического института (США) доказали, что для расшифровки ДНК не обязательно использовать суперкомпьютер — если изменить механизм расшифровки, то можно обойтись и обычным ноутбуком. О том, как ученым удалось повысить скорость расшифровки ДНК в сотни раз, пишет издание CellSystems.
Главная особенность нового подхода — ДНК разбивается не на отдельные «буквы», а на их комбинации, которые встречаются чаще всего. Как отметила профессор Бонни Бергер, такой подход работает, даже если в исходной ДНК есть 4% ошибок. Машины для секвенирования ДНК становятся все доступнее, поэтому использование нового метода расшифровки способствует демократизации генетических исследований.
Современные методы расшифровки ДНК основаны на простой идее — множество копий нити ДНК можно разбить на мелкие фрагменты, которые частично пересекаются друг с другом. Таким образом их можно много раз считать, а затем «склеить» результаты. Это работает, но требует огромных вычислительных ресурсов.
Команда Бергер предлагает другой подход — ученые создали математическую теорию, описывающую кодирование ДНК в виде набора часто встречающихся генетических последовательностей, представляющих собой наборы «букв» (нуклеотидов). Идея, ускоряющая расшифровку ДНК в сотни раз, была позаимствована из лингвистики.
«Пожалейте Меган!»: друг герцогини утверждает, что ее отец лжет о проблемах со здоровьем